常年施用无机肥料造成土壤板结，苹果树根系变浅，无法从深层土壤中吸收更多的中微量元素。无机肥料中的许多难溶性养分被吸附固定在土壤中，破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤通气、透水、保水保肥的能力。
微生物肥料在苹果高产施肥中有几大优势：
提高肥料利用率。不同树龄的苹果树需要的肥料种类和用量不同。幼龄阶段营养生长旺盛，需要更多的氮肥。应以铵态氮肥为主，辅以适量磷肥。果实高峰期对磷钾肥的需求增加。在确保氮肥用量的基础上，要增加磷，钾肥的用量，尤其要注意钾肥的施用，以提高果实品质。对于老龄树，在确证磷钾肥的同时，适当增加氮肥，促进老龄树的更新和生长。
其次，帮助和促进苹果树吸收其他养分。不同树龄的苹果树，除了氮、磷、钾外，还需要一定量的钙、硼、锰、锌、钼等微量元素，才能使苹果树的正常生长。
增强苹果树的抗逆性。微生物肥料中的菌种在果树根际土壤环境中繁殖时，在苹果树根部周围形成一个保护圈，减少了其他有害菌群的形成和入侵，从而减少了苹果树根部病害的发生。
提高土壤肥力。微生物肥料中菌种的代谢产物为土壤增加了大量有机质，促进了土壤团粒结构的形成，增强了土壤的通气、透水、保水、保肥能力。
此外，在苹果树上适当施用微生物菌肥，可节约化肥用量，提高化肥利用率，促进苹果树提前进入结果期，达到早熟、高产的目的。