上海液质检测技术有限公司

测序类样品处理存储及运输指南

1.样本准备基本原则

1.1代表性原则

取样的代表性关系到实验结果是否准确以及具有生物学意义,因此应根据实验目的和样本情况慎重选择取样方案。疾病组织样本中应不带有正常组织,正常组织样本不能含有病变组织。保证实验组与对照组样本在取材时间、部位、处理条件等方面尽可能保持一致,否则可能会影响实验结果的可信度。

1.2迅速性原则

样本质量对实验结果影响很大,因此用于测序研究的样本在采集、制备、贮存以及运输过程中应尽可能地做到迅速,最大限度地缩短从样本采集到实验的时间,避免核苷酸尤其是RNA的降解。

1.3分装备份原则

为避免反复冻融影响样本质量,建议样本采集后立即进行分装保存。在采样允许的情况下,每例样本尽量准备多份分装好的样本作为备份。对于联合分析或者多个检测项目时,最好预先分装好。

1.4污染控制原则

取样工具,如切割用的手术刀,盛放容器,应尽量选用干净的的一次性工具(转录组需要RNase-free),若是重复利用的工具,建议进行RNase灭活处理。

1.5低温原则

样本收集过程尽量在冰上操作。样本收集之后,液氮速冻,-80℃保存。寄送过程保证足量干冰。

2.样本送样量要求

备注:

(1)不同类型样本的RNA产量差别较大。含肌纤维、脂肪类物质的动物组织以及含多糖多酚、淀粉较高的复杂植物样本,RNA提取率一般较低,送样量需加大。

(2)长期保存的样本有更高的降解风险,因此样品应尽量选取新鲜采集样本。

3.样本制备方法

3.1植物组织

(1)选取所需的新鲜组织,冲洗干净(转录组用RNase-free无菌水),再使用75%乙醇冲洗,用吸水纸吸干样品表面,保存于RNase-freeEP管/冻存管,或者用锡箔纸包裹。

(2)采用RNAlater等保护剂保存,或直接液氮速冻,-80℃保存。

备注:

选材时应选取核酸含量较多部位,如植物的幼嫩部位。

建议植物混合取样,应尽量选择长势及外部环境等条件一致的样品进行混养。

大部分的植物样品可直接浸泡在RNAlater等保护剂中,但对于有石蜡层等天然屏障植物组织样本,需要将植物样品尽量剪成小块或进行匀浆,确保保护剂能渗透到组织内部。

如果不使用保护剂处理,清洗干净后液氮速冻后干冰寄送即可。

3.2动物/临床组织

(1)选取所需的新鲜组织,在冰上迅速用预冷的PBS缓冲液(转录组用RNasefree)或的0.9%生理盐水(转录组用RNasefree)冲洗,并剔除结缔组织、脂肪组织和毛发等非研究所需的组织类型。操作时间过长会导致RNA降解,建议不超过2min。

(2)如果组织体积较大,应尽量将组织切成黄豆大小的小块,长宽高均≤0.5cm的小块(组织块越小,保存效果越好)。

(3)样本保存:

方案一:采用RNAlater等保护剂保存,注意请严格按照相关产品的说明书进行操作。

方案二:采用TRIzol裂解液保存:首先液氮研磨样本,然后按照10-15mg组织加1mlTRIzol的比例加入TRIzol裂解液。组织样品切勿过量,常温裂解5min后,-80℃低温保存。

方案三:液氮速冻,-80℃保存(测序类通用)。

对肿瘤组织的取材,应尽可能准确地判定肿瘤和正常组织,肿瘤组织应将周围的正常组织切除干净,正常组织也应将周围的肿瘤组织切除干净。

肿瘤组织本身RNase较活跃,离体后请立即分割、速冻保存组织样本,推荐优先选择RNAlater保护剂保存。

RNAlater适用于肿瘤及容易降解的组织部位,其他正常组织同样适用。

3.3贴壁细胞

(1)确定细胞生长状态良好。

(2)去除培养基,向细胞培养瓶或培养皿中加入PBS缓冲液快速清洗,清洗之后彻底去除PBS缓冲液。

(3)按每10cm2培养面积(相当于六孔板一个孔或35mm直径培养皿)加1mlTRIzol得比例加入TRIzol试剂。用1ml枪头反复吹打,使TRIzol接触所有长有细胞的培养瓶表面。充分消化后,将TRIzol液体全部转移到RNase-free的螺旋口冻存管中。

(4)液氮速冻,-80℃保存。

备注:条件不允许时,可加入预冷PBS缓冲液,用干净的细胞刮棒将细胞刮于培养皿的一侧(动作要快),冰上斜置培养皿,使得缓冲液流向一侧。移液管吸取溶解产物至预冷的离心管内。离心去上清收集细胞沉淀,直接液氮速冻,-80度保存,干冰运输。

3.4悬浮细胞

(1)确定细胞生长状态良好。

(2)离心得到细胞沉淀,去除培养基,加入PBS缓冲液快速清洗,离心去除PBS缓冲液。

(3)按照每5×个细胞加入1mlTRIzol的比例加入TRIzol试剂。用1ml枪头反复吹打,直至看不见成团的细胞块,整个溶液呈清亮而不黏稠的状态。

(4)液氮速冻,-80℃保存。

备注:条件不允许时,离心去上清收集细胞沉淀,直接液氮速冻,-80度保存,干冰运输。

注意事项

细胞培养过程中,可能会遇到支原体污染,建议在样本收集之前进行支原体检测,以免支原体污染影响样本数据。检测方法可根据个人需求选择市面上的相应检测试剂盒。

原代细胞量尽量多一些,尽量。若不能达到,可采用微量细胞抽提盒,但抽提试剂盒属于特殊物料需要采购,周期可能会较长。

3.5细菌

(1)显微镜下观察细菌生长状态,收集对数期的细菌

(2)离心去除培养基,收集菌体

(3)液氮速冻,-80℃保存。

备注:不建议用RNAlater保存,因为RNAlater密度较大,提取时不易分离菌体。

3.6培养真菌

(1)将待测真菌在直径6cm的培养皿中培养3天

(2)用封口膜对培养皿进行封口,再放置于封口袋中,里面添加棉花等固定,常温运输。

3.7真菌菌菇类

(1)将真菌类植物样本切成长宽高均≤0.5cm的小块

(2)液氮速冻,-80℃保存。

4.样品标识、包装及运输

4.1样品标识

(1)样品管标记名称务必与样品信息单上的名称完全一致。样本命名只能是以英文字母开头,数字、"-"(短横线)任意组合,不能包含中文,空格或其他特殊字符,正确示例:A1,A-2,B-1,B-2。

(2)请在每个样品管上清晰、简明地标记样品名称(采用质量较好的油性笔,并避免与乙醇等有机溶剂接触,以免标记模糊);

(3)样品管标记名称务必与样品信息单上的名称完全一致。

4.2样品包装

(1)样品尽可能采用RNase-free的1.5ml或者2ml离心管(进口离心管)保存,运输时采用封口膜密封离心管,如管内为有机溶剂,务必采用螺旋口的冻存管并密封。

(2)不方便存储在离心管中的体积较大的组织样品,推荐采用锡箔纸等材料仔细包装。

4.3样品运输

推荐采用双层泡沫盒密封包装,盒中加入足量的干冰。同时按照要求填写技术需求表并将电子版发送给销售人员。




转载请注明:http://www.180woai.com/qfhqj/4340.html


冀ICP备2021022604号-10

当前时间: