20世纪50年代前，我国的农业施肥主要以农家肥为主，农民长期利用人、畜粪尿和一切无毒的废弃物等还田以培把地力。随着现代化肥工业的发展，化学合成肥料的应用越来越广泛，农家肥的应用越来越少，化肥成为果园土壤养分的主要来源。化肥的大量应用造成果园土壤肥力迅速下降，土壤盐分浓度上升，根系发育不良，土壤板结等问题，制约了无公害农业的发展与农业发达国家相比，我国的农田有机质含量太少。
如美国农田土壤的有机质可高达5%~8%,日本农田土壤的有机质在3%~5%,而在我国农田土壤有机质含量普遍较低，如辽宁、山东等地果园土壤有机质含量平均仅为0.3%~0.6%。农家肥是养分齐全的天然肥料，具有以下几个重要作用。一是提供大量养分，提高土壤肥力。农家肥经微生物分解后，形成有机质，其中保持着土壤中70%~80%的氮和30%~60%的磷。
另外，农家肥中还含有大量的钙、镁、硫、锌、铁、硼等元素。二是改善土壤结构，为根系创造良好的生长环境。农家肥具有活化土壤养分的作用，连续施用农家肥，能迅速改善土壤的理化性状，促进土壤团粒结构的形成。土壤中水、肥、气、热状况的稳定为根系的生长提供了良好的根际环境。据测定，施大量农家肥果园中果树根的阳离子代换量比施化肥果园的提高了20%~30%。
三是提高树体的抗病力。有机物中含有大量的微生物，这些微生物与病原菌有拮抗作用，从而使某些病原菌处于抑制状态。另外，在含有机质多的土壤中，根系生长旺盛树体生长健壮，也使树体的抗病性大大增强。常用的农家肥包括堆肥、沤肥、厩肥、沼气肥、绿肥、作物秸秆肥、泥炭肥、饼肥、腐殖酸类肥、人畜废弃物加工而成的肥料等。
①堆肥：堆肥是指利用农作物秸秆、杂草、落叶、人粪尿或家商粪尿等混合堆积腐熟成的肥料。堆肥养分含量种类较多，肥效期长，一般用作基肥。堆肥的积制方法有两种：普通堆肥和高温堆肥。普通堆肥是在常温下，通过嫌气分解积制成的肥料；高温堆肥是在通气良好、水分适宜、高温条件下，好气性微生物进行分解而制成的肥料。制作堆肥时必须经过高温以杀灭各种寄生虫卵和病原菌、杂草种子等。堆肥的原料一般就地取材。
②沤肥：是指用作物秸秆、杂草、绿肥等植物体为原料，混合人、畜粪尿和泥土等在常温、淹水的条件下沤制成的肥料。沤肥的养分不易挥发，肥效长而稳定。沤肥一般用作基肥，在南方多雨地区应用较多。
③秸秆肥农作物秸秆是农业生产的副产品，秸秆中含有较多的营养元素，是增加土壤有机质、提高土壤肥力的重要肥源之一。生产上一般用作堆肥或沤肥，也可直接秸秆还田。秸秆直接还田时应配施一定数量的氮肥，以加速秸秆腐烂速度。
④绿肥：凡把植物的绿色部分耕翻入土壤当做肥料的均称之为绿肥。为提供土壤肥料而种植的作物叫做绿肥作物。绿肥可改善土壤理化性状，加速土壤熟化和养分释放，培肥地力。绿肥翻压腐烂后可显著增加土壤有机质和氮素含量，如豆科绿肥可固定空气中的氮素，使用或翻压豆科绿肥可适当减少化肥的施用量。生产上常用的绿肥作物有紫云英、草木犀、苜蓿、豌豆等。
⑤饼肥：饼肥是含油脂较多的作物种子经过压榨出油后剩下的残渣，经发酵后使用。饼肥含有丰富的氮、磷、钾以及大量的蛋白质油脂维生素，营养成分极高，是进行无公害果品生产的优质肥料。