鸡的肠道短，食物在肠道中停留的时间不长，吃下去的饲料中的养分一般只能吸收30％左右，其余由粪便排出体外，故鸡粪营养成分极高，含有：有机物25.5％左右、氮1.63％左右、磷酸1.54％左右、钾0.82％左右，还含有钙等微量元素。
每千克鸡粪相当于大约40.76千克硫酸铵、42.8千克过磷酸钙、8.6千克硫酸钾，还含有若干克微量元素，是一种优质的有机肥。但是未经充分发酵或腐熟而直接施用到作物上，则存在很大的害处：
1、传染病虫害；2、发酵烧苗
3、酸化果园；4、毒气危害；5、肥效缓慢
未发酵腐熟的鸡粪中，养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态，才能被作物吸收利用。所以未发酵直接施用使肥效减慢。
6、利用不便、效率低
未经处理的粪便，不易运输，体积大，有效成分低，使用成本高。有机物向腐殖质转化的时间较长，养分流失严重。7重金属超标新鲜鸡粪中含有很高量的铜、汞、铬、镉、铅、砷等重金属，还有较多的激素残留，造成农产品重金属超标，给可持续发展埋下隐患。
农家营顾问建议：
散养的土鸡活动在林地里，虽然粪便直接作用于土壤，但是只要掌握好养殖密度，采用分区轮饲的方法，避免对林地树木造成伤害。最好在我公司专业技术人员的指导下合理规划养殖密度，以免影响种植园产量和品质。
而鸡舍内，一般会铺上合理厚度的垫料，鸡将鸡粪拉在垫料上。在日常管理过程中，养殖户需要做好温度、湿度和通风条件等环境条件的控制，鸡舍内的鸡粪会在好氧菌的作用下进行初步的降解，不会那么臭，更不用天天铲鸡粪。每当卖一批鸡以后，养殖户可以集中清理鸡舍内的垫料和鸡粪。控制好环境条件说起来容易做起来难，如果符合条件可以参加农家营养鸡训练营，系统学习生态土鸡养殖技术。
一批鸡出栏后，鸡舍内的鸡粪一般有2个途径处理：
1、直接销售
通过发酵后的鸡粪比烘干后的鸡粪做肥料要好的多，因为烘干的鸡粪没有彻底消毒，通过发酵后的鸡粪已经全部脱毒，做有机肥的效果就比烘干的要好的多，能提高植物生长周期以及收获的经济效益。种植户或者采购鸡粪生产有机肥的人，他们会直接来你的鸡舍中将鸡粪装走，一袋鸡粪的价格各地有一些差别。
2、自己利用
农家营提倡种养结合，园区内分种植区和养殖区，种植区的作物可以作为土鸡的饲料来源，鸡舍内的鸡粪通过发酵做成有机肥用于种植区域，为玉米、蔬菜瓜果等施肥。种养结合不仅省去买肥料的钱，种植产品的品质也会更高，更安全，可谓一举多得。
下面，农家营就介绍鸡粪的发酵方法有以下几种：
一、自然发酵法
1、堆肥发酵法
通过堆肥发酵后的鸡粪，是葡萄、西瓜、果树和蔬菜的好肥料。选择在通风好、地势高的地方，最好远离居住区及鸡舍米以上的下风向，将清理出的带垫料鸡粪堆积成堆，外面用泥浆封闭。一般夏季10天左右，冬季２个月左右。采用堆肥发酵方法，最好购买翻堆机，另外就是辅料的问题，新鲜的鸡粪需要添加辅料，没有辅料发酵是不行的，可以使用出完蘑菇的棒子，一般3分钱左右一斤。
2、湿泥土密封发酵法
即将鸡粪运到粪场堆积，拍打平整、盖上10厘米左右厚土泥抹平，使其不进气不漏气，让微生物的里面发酵产热，杀灭病菌和寄生虫，此法适于粪堆长期堆放不动。
3、塑料膜密封发酵法
在粪场的粪堆上盖上塑料膜，周围用土、石块压实，不透气，留一端掀盖方便，将每天打扫的鲜鸡粪加入，再压实，若簿膜幅面窄，可以互相压边，以水粘合，若粪太稀可适当拌土堆积，阳光照射发酵几天后，要常掀开簿膜凉晒，若有蝇蛆孳生则盖上簿膜即可很快杀灭，反复一段时间后，粪即干成堆，若长期不出售则最好用泥土封存。此法可使粪堆升温快，灭蛆好，适合范围广
二、沼气发酵法
鸡粪是沼气发酵的原料之一，尤其是带水的鸡粪，可以用来制取沼气。建立中小型酵池，经10－20天左右发酵便可生产出沼气。沼气可用做生活取暖，烧水煮饭等，还可用沼气作能源制作膨化饲料，发酵的粪便无臭味，沼气池中的粪肥要及时清除池外，用干制法或发酵法堆积贮存。沼渣用来做鱼饵或肥料。
三、微生物发酵法
鸡舍清理出的鸡粪，可以与秸秆、锯末屑、谷壳、饲粉和发酵剂、米糠（或麸皮、玉米粉等替代物）等深度发酵处理以后再施肥，粪便无臭味，既提高生产效益，改善饲养环境，还可减少苍蝇孳生，当做有机肥施用效果会更好。还可以使用多菌两步发酵法，即鸡粪通过配比后经过多菌两步发酵(前期好氧，后期堆肥)后生产出生物有机肥商品，广泛应用于各种作物，是生产无公害、绿色和有机产品的优质肥料。该方法不仅能够彻底除臭，还有独特的发酵味。
通过以上方法发酵出来的鸡粪肥，具有以下优势：
1、养分全面肥效持久
能提供给作物不同生长时期所需的各种养分，合理使用腐熟后的鸡粪能综合调节作物的生理机能，平衡和刺激生殖生长及营养生长，能使作物根系发达，保花、保果、提高做果率、提早收成、提高土壤可持续高产的能力、增产达10%-15%左右。
2、含有大量的有机质
腐熟后的鸡粪含大量有机质，能活化养分，松弛土壤，增强土壤的透气性，有利于作物根系生长，提高作物的生命活力和免疫力。
3、改善土壤结构
具有改善土壤，提高肥力，清理毒素，减轻农药、化肥有等有害物质对土壤的污染。鸡粪在腐熟发酵后使用，则其在发酵过程中产生的氨气，会被土壤中的硝化细菌转化为硝态氮，不仅能被作物吸收利用，避免浪费，同时还能避免直接使用造成的蔬菜伤根、熏苗等肥、气害，一举两得。