活菌添加法是我们最常见也是种最快捷建立硝化系统的方法，可以在放养鱼虾之前同时完成硝化系统的建立。方法就是将足够数量的硝化细菌(活菌)，直接加入水族缸的养殖系统中，使水族缸在养殖之初，即具有硝化作用之能力。理论上，本法是可行的方法之一，而且应该也具有很好的效果，问题是，硝化细菌很难以活体被保存，即使探用高科技的保存方法，例如液态氮保存法，保存的时间也不会太久，所以硝化细菌极难变成活菌商品被贩卖，玩家如果想买到真正的活菌来使用，恐怕非常困难。
市面上，有若千种针对水族缸养殖所开发的硝化细菌产品，声称为活菌裂剂，经常成为消费者的新宠，可是却少有消费者去仔细评估这些产品的有效性，往往买来就用，至于是否有真正发挥效果，则绝少过问。这种作法似有欠遇详，但并不表示盲目，最主要原因是，他们通常缺乏判断能力，毕竟硝化细菌的活体保存问题，是届于相当专业的领域。在此种情说下，消费者买回之后，无论有效或无效均不去管它，反正加个安心也好。就硝化细菌的培养而言，要大量生产并没有什么困难，不过我们如何将培养好的活菌包装上市，直到现在万遭遇到难以克服的问题。即使在最有利的条件下，所培养的活菌之存活期限，亦不会存活多久，通常不会超过3个月(这已经是非常高估了)。因为硝化细菌是一种绝对好气性细菌，必须在有氧环境中才能生存，在密封的瓶中保存，有限溶氧不久就被硝化细菌的呼吸作用所耗尽。
消费者若想真正买到活菌，最佳的管道就是从厂商的培养槽中，直接而快速地将菌液输送至饲主的手中。目前似乎还没有这顶能为水族界提供的商业性服务，但是可以透过空运邮寄的方式，向美国生物培养场订购这类微生物。ATOC是世界著名的微生物供应商，生产有成千上万种可供生物医学至工业加工过程所应用的菌种及其他生物，也对水族界开放这项商业服务。
基于硝化细菌的储存始终是难以克服之问题，不免让我们可以合理怀疑或担心，市面上所声称的活菌产品，是否早已是过期失效，即原来可能是活菌装剂，但在储存过程中早已死亡。除非我们探用科学方法加以否定，否则光凭厂商所标示的有效使用期限，可能仍难以确保其有效性。更何况大部分商品连有效使用期限都没有标示，因此使用这类商品来从事硝化系统的建立，难免令人觉得有些冒进与疑盾。
亚硝酸菌的休止细胞就是休止菌，可暂时中止其正常的代谢活动(包括正常的呼吸作用)进行，借以减少储存能量之消耗，因此可以长久忍受「饥饿J形容无氨源可供消费，而有可能将其生命延长至2年之久，因此在密封瓶中储存，得以有较长的保存时间。利用此种特性，厂商可以先把亚硝酸菌培养好之后，设法让它进入假性休眠状态，使之转为休止细胞，然后再裂成菌液保存。
休止菌的生理状态，是一种介于活体与真正休眠之间的过渡状态，但仍可能在重新获得氨源之后被活化起来。活化期之长短，视休止菌加入水族缸后，是否能充分获得稳定的氨源供应而定。如果氨源浓度高，则活化时间短，可以促进硝化细菌提早苏醒过来，所以休止菌转变成活菌的时间较快，反之，活化时间长，休止菌转变成活菌的时间较慢。另外，活化率与储存时间成反比，储存时间越久，休止菌活化成功的机率也越低。
如果消费者买到的是货真价实的活菌，在新设水族缸使用时，只需添加足够剂量的此种菌液之后，就可以将鱼放入其中饲养，硝化系统也会迅速启动，并开始正常发挥的除氨功能。假使不是活菌产品，而是休止菌装剂，那么添加此种商品及放鱼之后，通常需要等上至少5天以上的活化时间，硝化细菌才会因逐渐获得氨源而活跃起来，因此建立硝化系统的时间会比使用真正的活菌晚-一些。
你买到的硝化细菌是哪种呢？小编在这奉劝大家，不要乱购买不清楚的产品，导致我们的爱缸遭受不必要的损失。