经常养鱼的人都知道，水中的氨氮是一种很讨厌的东西，氨氮含量一旦高了，就会造成生物的死亡。水中的氨氮主要以小分子的形式存在，其中包括氨（NH3），亚硝酸根（NO2-），硝酸根（NO3-）。任何水中的氨氮都是来源于生物，生物的主要成分是蛋白质，当生物死亡或者新排泄，蛋白质就会被排放到水中，水中的卫生物就会分解蛋白质，将大分子蛋白质中的氮元素以无机盐的形式释放出来。
在三中含氮物质中，主要对生物造成危害的是NH3和NO2。其中NH3，也就是氨，在水中主要有两种存在形式——非离子氨（NH3）和离子氨（NH4+），这两种物质在水中可以相互转换，二者的比例这PH值一定的情况下是一定的。在酸性环境中，氢离子浓度大，氢离子会和NH3反应生成NH4+，在碱性环境中，平衡会偏向另一边。这两种状态中，主要对生物造成影响的是非离子氨。
研究表明，氨氮对水生物的毒性主要在于对抗氧化酶类的破坏，抗氧化系统是鱼对抗外界的第一道屏障。为了对抗环境，从胚胎阶段开始，鱼类就已经具有了抗氧化系统，来清除内体的氧化自由基和过氧化物。为了获得能量，生物会将吸收的营养分解，就像是汽车燃烧汽油，或者锅炉燃烧煤炭一样。但是在机器燃烧能源获得热量的同时，也会对机器本身造成伤害，因此就需要降温隔热等保护机制来防止对机器造成破坏。抗氧化系统就是起到了类似的作用。例如人做过研究，长期暴露在NH3环境下，鲫鱼和罗非鱼体内的两种抗氧化酶（SOD和CAT）和抗氧化物质（谷胱甘肽）的含量就会下降。当鱼类的抗氧化体统遭到破坏，鱼类的免疫力就会下降，也就更容易感染细菌或者寄生虫。水生物也能够通过肾脏排泄掉身体内产生的NH3，但是当NH3含量过高时，就超过了肾脏的排泄能力，造成内脏的破坏。
那么如何控制水中的氨氮呢？首先，也是最主要的办法就是换水，定期换水能够直接去掉水中大量的氨氮。然后定期添加硝化细菌，保持水中氧气充足，硝化细菌能够将有毒的NH3和NO2-转化成毒性小的NO3-，从而来为自己提供能量，但是这一过程需要大量的氧气，因此用生化环和菌屋是一个不错的选择。水中种植大量的植物可以直接吸收氨氮，将其转化为自己的养分，但是水草的主要营养来源是CO2，并且水草种植不好还会滋生细菌，造成植物的腐烂，因此种植植物时需要考虑更多因素。