核酸作为一切分子生物学研究的基础，其提取通常是开启生物学研究的第一步，而且提取的核酸质量高低也是决定下游实验成败的关键因素之一。
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小翌总结一些现用核酸提取过程中的常见问题。
DNA提取：
1.A/比值较低？或者A/比值较高？
用水作为洗脱液比较偏低，或者蛋白质残留，但如果操作过程中使用了苯酚，则更可能是苯酚残留。而比较高可能是大量RNA残留，没有使用RNaseA，或RNaseA活性下降。A值提示的含量与电泳检测时提示的含量有可见的误差则为苯酚残留。
2.提取的细菌基因组DNA有降解，为什么？
确认选用的培养菌体是否新鲜，如果菌体需要保存时，请于-80℃保存。
起始菌液量过多，导致菌液裂解不充分，部分DNA降解。
菌体本身富含DNA酶活性，加入Digestionsolution后再加20uL0.5MEDTA溶液来抑制内源性核酸酶
3.提取的基因组DNA生物活性差，为什么？
提取的基因组DNA中盐分浓度过高，请严格按照说明书操作。
提取的基因组DNA中含有乙醇。离心的速度和时间应该严格遵循说明书要求进行。
4.碱裂解法提取的质粒DNA进行琼脂糖电泳进行鉴定时，看到的三条带分别是什么？
碱法抽提得到质粒样品中不含线性DNA，得到的三条带是以电泳速度的快慢排序的，分别是超螺旋、开环和复制中间体（即没有复制完全的两个质粒连在了一起）。如果你不小心在溶液II加入后过度振荡，会有第四条带，这条带泳动得较慢，远离这三条带，是20-kb的大肠杆菌基因组DNA的片断。
5.为什么用酚与氯仿抽提DNA时，还要加少量的异戊醇？
在抽提DNA时，为了混合均匀，必须剧烈振荡容器数次，这时在混合液内易产生气泡，气泡会阻止相互间的充分作用。加入异戊醇能降低分子表面张力，所以能减少抽提过程中的泡沫产生。一般采用氯仿与异戊醇为24：1之比。也可采用酚、氯仿与异戊醇之比为25：24：1（不必先配制，可在临用前把一份酚加一份24：1的氯仿与异戊醇即成），同时异戊醇有助于分相，使离心后的上层水相，中层变性蛋白相以及下层有机溶剂相维持稳定。
RNA提取：
1.冻存细胞与新鲜细胞的RNA提取有区别吗？具体该怎么操作？
新鲜细胞与冻存细胞RNA提取没什么区别。千万不能等细胞溶解了存状态把Trizol直接加到冻存管了，一起化开，振荡振荡就可以了。与从组织中提RNA差不多。
2.RNA得率低
该组织或者细胞中RNA含量偏低：不同细胞和组织中RNA的丰度不同，如肝脏，胰腺，心脏等是高丰度组织(总RNA含量2-4μg/mg)，脑，胚胎，肾脏，肺，胸腺，卵巢等是中丰度组织(总RNA含量0.05-2μg/mg)，膀胱，骨，脂肪等是低丰度组织(总RNA含量0.05μg/mg)。
组织起始量太少或者太多：样品量过少，则细胞组织中RNA含量较低；样品量过多则可能超过裂解液的裂解能力，裂解将不完全，从而导致RNA得率低。
3.RNA降解：
提取的材料不新鲜。新鲜组织取得后应立即置于液氮中或立即放入RNAstore试剂中，以保证提取效果。
处理样品量过大。
污染了RNase。虽然试剂盒中提供的缓冲液都不含RNase，但使用过程中很容易污染RNase，应小心操作。
4.OD/OD比值偏低
蛋白质污染：确保不要吸入中间层及有机相。减少起始样品量，确保裂解完全、彻底。加入氯仿后首先要充分混匀，并且离心分层的离心力和时间要足够。如果所得RNA的OD/OD比值偏低，则用氯仿重新抽提一次，再沉淀，溶解。
苯酚残留：确保不要吸入中间层及有机相。加入氯仿后首先要充分混匀，并且离心分层的离心力和时间要足够。
多糖或多酚的残留：一些特殊的组织和植物中，多糖、多酚含量较多，这些残留也会导致OD/OD比值偏低。因此，从这类材料中提取RNA时，需要注意多糖、多酚杂质的去除。
设备限制：测定OD及OD数值时，要使OD读数在0.1-0.5之间。此范围线性最好。用水稀释样品：测OD值时，对照及样品稀释液请使用10mMTris，pH7.5。用水作为稀释液将导致比值偏低。
5.RNA中有基因组DNA污染
材料中核酸含量高：脾脏、胸腺等组织中的核酸含量较高，可进行多次酚/氯仿抽。
提以去除多余的DNA。也可以在提取后加入DNaseI处理，降解DNA。
材料过量：增加试剂用量。
RNA沉淀条件不合适：使用异丙醇沉淀RNA时，加入的异丙醇与提取液的比例偏高。
溶液的pH值偏小，都容易使DNA形成沉淀。