今天，我们带来了新的元素循环分析产品—宏转录组元素循环分析包。该分析包进一步助力宏转录组数据的生物地球化学循环分析，通过分析重要生物地球化学循环过程为研究微生物群落和代谢潜力提供新的理解。
图1.Metatranscriptome分别组合4种元素循环关键词GoogleScholar检索文章总数
(其中年截止为09月13日)
图2.Metatranscriptome分别组合4种元素循环关键词GoogleScholar检索近10年文章数(其中年截止为09月13日)
如图1和图2所示，基于宏转录组和碳氮磷硫4种元素循环的关键词分别组合进行GoogleScholar检索可知，相关文章发表数量均呈增长趋势，研究热度依然不减。
宏组学是揭示自然生态系统中驱动生物地球化学循环的关键微生物和过程的有力方法，是通过量化微生物群落内各种生物地球化学途径的遗传潜力来揭示复杂微生物生态系统的多样性、功能和生态学的重要工具。但是，很少见到专门从宏组学数据中描述生物地球化学途径的数据库和一个公认的标准化模型来估计宏组学数据中通路的相对丰度。因此，一种易于使用的专业工具，可以推断和直观地比较生物地球化学过程的潜力，是迫切需要的。
分析包原理
DiTing是一个根据宏组学测序数据推断和比较生物地球化学途径的工具软件。该工具基于KEGG数据库及手动创建的DMSP循环基因数据库，开发了包括11种循环、近种生物地球化学途径的特定公式来计算各途径的相对丰度。利用DiTing进行分析，可从环境组学数据中获得有关微生物驱动的生物地球化学循环的丰富信息。
我们根据DiTing提供的生物地球化学途径与基因的对应关系，针对宏转录组开发对应的元素循环分析包，助您轻松分析元素循环。
图3.DiTing流程图宏转录组元素循环分析
根据DiTing提供的生物地球化学途径与基因的对应关系，提取出参与碳、氮、磷、硫等元素循环的功能基因（涵盖6个循环、65个通路、个功能基因），基于宏转录组得到的KEGG注释、物种注释结果和DiTing的循环通路丰度计算公式，对参与碳、氮、磷、硫等元素循环的功能基因进行丰度堆叠条形图分析、代谢循环基因热图分析、物种代谢循环分析、循环通路丰度分析及元素循环路径的可视化分析。
表1.循环通路及基因数
结果展示
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