很多人在进入鱼菜共生圈子的时候，根本没有过种菜和养鱼的经验，所以，往往有很多人会问小农爸爸，鱼菜共生系统中供给植物的肥力从何而来？简单来说，首先你要了解植物需要的养分，大概有两种：
一种是大量元素：氮、磷、钾；
一种是微量元素：铁、钙、镁、硫、硼等。
而在鱼菜系统中，鱼粪能提供的最大量养分是——氮，氮元素是以硝酸盐的形式为植物提供养分，而在鱼菜共生系统中，氨是如何转化成亚硝酸盐和硝酸盐的呢？我们一起看看：
氨转换成硝酸盐与亚硝酸盐
大多数的蔬菜都需要吸收硝酸盐，吸收后在植物体藉由光合作用来产生制作胺基酸和蛋白质。
我们在鱼缸中培养硝化菌来产生硝酸盐：
(1)鱼排泄物及残饵分解后会产生氨(NH3、NH4)。氨如果超出安全浓度会对鱼、植物及其他生物构成相当危害。
(2)执行硝化作用的硝化细菌共有两类：分为「亚硝酸菌」跟「硝酸菌」。
(3)亚硝酸作用：「亚硝酸菌」，能在有氧条件下，以氨为食物，把氨转化成亚硝酸盐，从中得到能量。
(4)硝酸作用：「硝酸菌」能将毒性强的氨转换成硝酸盐，毒性稀释后鱼缸里水草鱼只等生物才得以生存。
氨、亚硝酸菌、硝酸菌反应方程式：
N2+8e-(电子）+8H++16ATP==固氮酶==2NH3+16ADP+16Pi+H2
2NH3+3O2====2NO2-+H2O+H+
2NO2-+O2====2NO3-
(5)鱼菜系统养水培养硝化菌是需要时间的，一般30-45天硝化系统才会成熟。
硝化菌培养的关键因素：
(1)水流：由于硝化菌的固着生活特征，必须靠水流输送它所需要的氧气、氨及营养物质等生存资源。
(2)底砂：硝化菌非常需要底质，但不同的是它的目的不在于觅食，而是底质可以提供附着、掩蔽和获得其所需要的氨源及营养源。许多硝化菌没有找到适当底质前不能进行繁殖，以及不能氧化氨等有毒物质。
(3)光线：硝化菌不像植物及光合细菌一般具有光合色素，因此不能利用日光进行光合作用合成有机物。不仅无法利用日光，反而较不适合日光照射。
(4)PH值：ph值会影响硝化细菌生长与繁殖，一般而言，绝大多数硝化细菌比较喜欢生长在弱碱性的环中，硝化菌适合生长范围约6.5~8.5度，最佳值约7.5~8.2度。
氮作为植物需要的大量元素，在鱼菜系统中可以大量获取，但是另外的元素，如：磷、钾、铁、钙、硼等等，在不注意的情况下则有可能缺乏。很多人都问小农爸爸，鱼菜系统是不是啥都能种，不需要管理，不需要添加任何肥力，我想说，你养个小孩，是不是只是给他吃米饭呢？不用吃肉、菜、瓜、果？